Sairaalahoitoa vaativista ongelmista tavallisimpia ovat yleistynyt infektio (sepsis, ns. varsahalvaus), hapenpuutteesta johtuvat ongelmat ja varsojen ripulit.
Varsat reagoivat voimakkaasti elimistön muutoksiin, jonka vuoksi jo pienetkin sairauden merkit (väsymys, imemättömyys, virtsaamattomuus, ummetus, ripuli, alilämpö tai kuume) on syytä ottaa vakavasti.
Pikkuvarsat vaativat usein sairastuessaan tehohoitoa joka vaatii paljon henkilökuntaa. Hoitamiseen osallistuvat henkilökunnan ja klinikkavaiheen opiskelijoiden lisäksi myös erityiset varsasitterit, alempien kurssien opiskelijat, jotka vastaavat ohjauksessa varsojen perushoidosta, kuten ruokkimisesta ja ylösnostoista.
Terveistäkin vuorokauden ikäisistä varsoista olisi hyvä tarkistaa vasta-aineiden lisäksi tulehdusarvot, sillä osassa sairauksia oireet voivat alkuun olla hyvin lievät. Pelkästä vasta-ainepuutoksesta kärsivät varsat saavat plasmaa sairaalan veripankkiin kerätyistä lahjoitusplasmoista ja pääsevät kotihoitoon, sairaammat varsat pysyvät usein muutamasta päivästä viikkoon sairaalassa. Tavallisimpia infektion aiheuttamia ongelmia ovat hengitystie- ja ruoansulatuskanavan tulehdukset, sekä nivelten tulehdukset. Infektiokohdan selvittämiseksi apuna voidaan käyttää MRI- ja CT –kuvantamista.
Varsan mukana tulee yleensä myös sen emätamma, jolla voi olla synnytyksen jälkeisiä ongelmia, kuten jälkeisten jääminen. Varsa ja tamma pidetään yhdessä vähintään näkö- ja kosketusetäisyydellä hoidon ajan, vaikka varsa vaatisikin tehohoitoa.