Kirurgiaa tehdään niin hätätapauksille kuin ennaltaehkäisevästi. Tyypillisimpiä kiireellistä leikkaushoitoa vaativia potilaita ovat ähkyt ja nivel- sekä jännetuppien infektiot. Ennaltaehkäisevästi kirurgialla hoidetaan mm. irtopaloja ja tyriä sekä tehdään kastraatioita. Hevonen voidaan tuoda sairaalaan joko lähetteellä tai sille voidaan tehdä tarvittavat tutkimukset myös Hevossairaalassa.
Yleisanestesiassa tehtäviä toimenpiteitä varten sairaalassa on kaksi leikkaussalia, joissa kummassakin on omat nukutus- ja heräämökarsinansa. Hevoset nukutetaan leikkauksia varten mahdollisimman turvallisesti uusinta tietoa ja korkealaatuista välineistöä käyttäen. Molemmissa leikkaussaleissa on käytössä inhalaatioanestesia sekä laitteisto jatkuvaa laskimonsisäistä lääkitystä varten. Hevosen nukutusta valvotaan tarkasti monin tavoin koko leikkauksen ajan. Hevossairaalassa nukutetaan ja leikataan säännöllisesti myös vakavasti sairaita hevosia hätätilanteissa.
Tavallisimpia kiireettömiä leikkauksia ovat esimerkiksi niveltähystykset ja ruunaukset. Päivystysleikkauksista tyypillisimpiä ovat erilaiset haavat ja muut traumat sekä ähkyleikkaukset. Lisäksi sairaalassa hoidetaan laajalti monenlaisia muitakin potilaita, jotka voivat vaatia leikkaushoitoa; esimerkiksi luunmurtumia, erilaisia kasvaimia, komplisoituneita poskiontelosairauksia, varsojen jalka- ja vatsaonteloperäisiä ongelmia sekä tammojen vaikeita varsomisapuja tai varsomisessa syntyneitä vammoja.
Osa leikkauksista, kuten vatsaontelon tähystykset, tehdään seisovalle, rauhoitetulle hevoselle paikallispuudutuksessa ja tätä varten käytössä ovat myös tutkimushuoneet pakkopilttuineen. Tavallisimpia aiheita aikuisen hevosen vatsaontelon tähystysleikkaukselle ovat esimerkiksi munasarjakasvain tai vatsaontelossa sijaitseva piilokives. Osa ylähengitysteiden kirurgiasta voidaan myös tehdä seisovalle hevoselle ja tällöin tyypillisesti käytetään tähystimen kautta laser-laitetta.
Leikkauksesta riippuen hevonen kotiutetaan joko heti toimenpiteen jälkeen tai tarpeen vaatiessa se voi jäädä sairaalaan seurantaan ja hoitoon. Usein lähetepotilas palautuu mahdollisiin jälkitarkastuksiin omalle eläinlääkärilleen, mutta tarvittaessa nämä voidaan tehdä sairaalassakin. Hevossairaalan eläinlääkärit konsultoivat säännöllisesti omalla erikoisalallaan.
Ruunaus on yleisin kiireetön leikkaus hevossairaalalla. Ruunaukseen tuodaan eniten nuoria 2-4- vuotiaita hevosia, mutta myös vanhempia. Ruunaukset tehdään nukutuksessa suljetulla menetelmällä laseria tai perinteistä menetelmää käyttäen. Ruunauspotilaat kotiutetaan tilanteen mukaan yleensä samana tai seuraavana päivänä.
Sairaalassa tehdään niveltähystyksiä sekä ajanvarauspotilaille että hätätapauksille. Nivelinfektioissa nivelen huuhtelu tähystyksessä on paras vaihtoehto sekä tilan arvioinnin että huuhtelun tehokkuuden kannalta (ks. nivelen ja jännetupen infektiot). Irtopalaleikkaukset suoritetaan myös tähystysleikkauksina. Hevossairaalassa tehdään myös murtumien korjausleikkauksia.
Hevoset saavat tyypillisimmin infektion nivelen lähellä olevasta haavasta tai jännetuppeen ulottuvasta traumasta, esim. potkusta hokkikengällä. Toisinaan nivelinfektio voi johtua aiemmista eläinlääketieteellisistä toimenpiteistä kuten nivelen injektiosta tai leikkauksesta. Myös verenkierrossa kulkeva bakteeri voi aiheuttaa varsinkin vastasyntyneillä ja nuorilla varsoilla nivelinfektion.
Nivelinfektioiden hoito on ensisijaisesti nivelhuuhtelu, joko tähystyksessä (artroskopia) tehtynä tai neulojen kautta tehtynä. Useimmiten ja tehokkaimmin nivelhuuhtelu tehdään nukutuksessa. Huuhtelutarpeen määrä riippuu hevosen vasteesta hoitoon, useimmat hevoset paranevat 1-3 huuhtelukerralla. Niveltähystystä käytetään ja suositellaan paremman huuhtelutehon aikaansaamiseksi ja nivelen tilan arvioimiseksi ja myös, jos potilas ei ole vastannut neulahuuhteluhoitoon. Infektoituneesta kohdasta pyritään ottamaan näytteet bakteeriviljelyyn, jotta saadaan tutkittua bakteerin antibioottiherkkyys, mutta kaikista viljelyistä ei aina saada bakteerikasvua.
Nivelen ja jännetupen infektioiden ennuste on aina varauksellinen ja riippuu myös siitä, kuinka nopeasti hevonen tulee hoitoon trauman jälkeen. Ennuste riippuu myös aiheuttajabakteerista ja trauman luonteesta. Jo tulehtunut nivel ei välttämättä vaadi päivystyshuuhtelua yöllä, vaan se voidaan huuhdella tähystyksessä myös päivällä. Toisinaan ajoissakaan aloitettu hoito ei auta, jolloin infektion seurauksena on nivelen tuhoutuminen ja nivelrikko. Nivelinfektion hoitokustannukset ovat keskimäärin 2000 - 4000 euroa riippuen huuhteluiden määrästä ja käytetyistä lääkkeistä.
Irtopalat ovat yleisimmin nuorena luutumisen yhteydessä syntyviä kasvuhäiriöitä joiden seurauksena nivelpinnalta irtoaa pala. Myös kasvuun liittymättömät, vamman seurauksena syntyneet irtopalat ovat mahdollisia. Kasvuperäisiä irtopaloja esiintyy hevosella yleisimmin kintereessä, vuohisissa ja takapolvissa, mutta irtopaloja voi esiintyä myös muissa nivelissä. Jotkut irtopalat voivat hangata nivelpintoja ja aiheuttaa siten niveltulehdusta, tällaiset irtopalat on suositeltavaa poistaa. Irtopalat diagnosoidaan röntgenin ja tarvittaessa ultraäänen avulla. Hevosen irtopalakuvaus tehdään yleensä puolentoista ikävuoden jälkeen, jonka jälkeen irtopalojen löytyminen on oleellista. Myös varsoilta voidaan tutkia irtopalojen olemassaoloa jos varsalla esiintyy ontumaa ja nivelen turvotusta. Irtopalaleikkaukset tehdään nukutuksessa tähystysleikkauksina.
Koko vatsaontelo voidaan tähystää hevosen seisoessa niin sanotun laparoskoopin eli vatsaontelon tähystyslaitteen avulla. Samalla voidaan esimerkiksi ottaa ja tutkia kudosnäytteitä. Paksusuolen toistuvaa asennon muutosta pernan siteen päälle voidaan ehkäistä kiinnittämällä perna vatsaontelon seinää. Muita laparoskooppisia leikkausmahdollisuuksia ovat esim. piilokivesten ja munasarjojen poisto.
Kurkunpään muutoksia voidaan leikata sekä nukutuksessa että laserilla pelkän rauhoituksen avulla hevosen seistessä. Leikkaustapa riippuu ongelman tyypistä.
Toisinaan hevosen ähkyn ainoa hoitokeino on leikkaus. Ähkyleikkaus on aina hätätapaus,eikä operaatioon ja sen jälkihoitoon ole useimmilla klinikoilla mahdollisuutta. Hevossairaalassa ähkyjä leikkaavat kokeneet kirurgit nuorempien eläinlääkäreiden avustaessa.
Jos hevosella on leikkausta vaativa ähky, sen lopullinen diagnoosi ja hevosen ennuste varmistuu yleensä vasta leikkauksessa. Ähkyleikkauksissa paksusuoliperäisen ähkyn selviämisennuste on noin 75 %, ohutsuoliperäisessä ähkyssä 50 %. Hevonen viettää sairaalassa keskimäärin noin viikon leikkauksen jälkeen.
Ähkyleikkaukseen liittyviä komplikaatioriskejä ovat anestesiaan liittyvät ongelmat (lihasvauriot, hermovauriot, anestesiakuolema, heräämisessä syntyvät vammat, keuhkokuume), haavan paranemiseen liittyvät ongelmat (haavainfektio, ompeleiden pettäminen, tyrä), suolen paranemiseen liittyvät ongelmat (suolen toimimattomuus), sekä elimistön tulehdusreaktiot ja vaste infektioihin (endotoksemia, vatsakalvontulehdus, suonitulehdus, kaviokuume) sekä yksittäistapauksissa pitkäaikaisongelmana krooninen toistuva ähky (kiinnikkeet). Kaikkia mahdollisia ongelmia on mahdoton luetella, mutta ohutsuoliähkyyn ja ns. paksunsuolen kierteeseen molempiin liittyy enemmän komplikaatioita. Toipumisaika ongelmattoman leikkauksen jälkeen normaaliliikuntaan on n. 4 kk. Ähkyleikkaus ei poista hevosen ähkytaipumusta, ja hevosella on tilastollisesti suurempi riski saada uusia ähkyjä kuin hevosella, joka ei ole koskaan sairastanut ähkyä.
Hinta-arvio ähkyleikkaukselle on 7000 eurosta ylöspäin, kokonaishinta vaihtelee paljon riippuen leikkausajankohdasta (päiväaika/päivystys/yö) ja hevosen sen jälkeen tarvitsemasta jälkihoidosta. Esim. ohutsuoliähkyssä, jossa suolta joudutaan poistamaan ja suolisto ei toimi leikkauksen jälkeen useaan päivään, voi laskun kokonaissumma nousta yli 10000 euroon hevosen tarvitseman valtavan nestemäärän ja tukihoidon jälkeen.