Universitetet har fristående institutioner som är inriktade på forskning och undervisning eller som producerar tjänster. En del av dessa är gemensamma med andra universitet.
Universitetscentren kompletterar det finländska universitetsnätverket. De samlar verksamheter vid ett flertal universitet på orter som inte har ett eget universitet. Helsingfors universitet deltar tillsammans med andra finländska universitet i universitetscentren i Lahtis, S:t Michel och Seinäjoki.
I lärarutbildningen vid Helsingfors universitet ingår alltid undervisningspraktik. Pedagogiska fakulteten ansvarar för undervisningspraktiken som ordnas av två övningsskolor:
Universitetet leds av rektor, tre prorektorer och enheternas direktörer. Rektorn leder universitetets verksamhet och ansvarar för att universitetets uppgifter sköts på ett resultatrikt, ekonomiskt och effektivt sätt. Prorektorerna bistår rektorn i ledningen av universitetet.
Enligt universitetslagen har universitets kansler till uppgift att främja vetenskaperna och universitetets samverkan med samhället samt bevaka universitetets allmänna intresse och ha tillsyn över verksamheten vid universitetet.
Styrelsen och universitetskollegiet
Universitetets högsta beslutsorgan är styrelsen som har 13 medlemmar.
Universitetskollegiet bestämmer bl.a. om antalet styrelsemedlemmar, mandattiden för styrelsen och styrelsens medlemmar samt fastställer universitetets bokslut och verksamhetsberättelse.