Nykyisen Helsingin yliopiston perustaminen 1640 oli jatkoa Suomen alueen asukkaiden pidempiaikaiselle kouluttautumisen perinteelle. Usean kymmenen Turun hiippakuntaan kuuluvan lahjakkaan nuorukaisen tiedetään opiskelleen Pariisin yliopistossa jo 1300-luvulla. Suomalainen Olavi Maununpoika toimi jopa Pariisin yliopiston rehtorina 1430-luvulla. Keskiajalla syntyperältään suomalaisia tavattiin myös opiskelemassa mm. Prahan, Rooman ja Louvainin yliopistoissa.
Uuden testamentin suomentaneen Mikael Agricolan tiedetään opiskelleen Wittenbergissä uskonpuhdistuksen aikoihin 1530-luvulla ja tehneen siellä yhteistyötä mm. Martin Lutherin, Philipp Melanchthonin ja muiden uudistusliikkeen edustajien kanssa.
Kuninkaallinen Turun Akatemia, nykyinen Helsingin yliopisto, perustettiin vuonna 1640 osaksi monisatavuotista eurooppalaista yliopistoperinnettä. Etelä-Euroopan yliopistot kuten Bologna ja Salamanca ovat yli 900-vuotiaita ja pohjoismaisista yliopistoista vanhimmat, Kööpenhamina ja Uppsala yli 500-vuotiaita. Suomen vanhimpana yliopistona, Helsingin yliopiston ikä on sekin kunnioitettavat 365 vuotta.
Kuninkaallinen Turun Akatemia, nykyinen Helsingin yliopisto perustettiin kuningatar Kristiinan hallitsijakaudella 26.3.1640 Turkuun yhdeksi Ruotsin valtakunnan neljästä yliopistosta. Akatemian perustamista edelsi Ruotsin opetuslaitoksen perusteellinen uudistaminen 1620-luvulla. Uudistus ilmensi Ruotsin 1600-luvulla saavuttamaa asemaa eurooppalaisena suurvaltana.
Opetusuudistusten seurauksena vuosisatojen ajan ulkomaisiin yliopistoihin suuntautunut opiskelijavirta kääntyi valtakunnan neljään omaan yliopistoon; Uppsalaan (1477), Tarttoon (1632), Turkuun ja Lundiin (1666).
Yliopiston perustamista juuri Itämaan, eli nykyisen Suomen lounaiskolkkaan edistivät ensisijaisesti kreivi Per Brahe, Turun piispa Isaacus Rothovius ja Turun hovioikeuden presidentti Jöns Kurck. Kreivi Brahe odotti, että yliopiston avulla ”istutettaisiin kansaan oikea jumalanpelko, kunniallisuus, kunto, hyveet, luvalliset elinkeinot ja kaikenlainen hyvä elämä” myös täällä.
Kuninkaallinen Turun Akatemia koostui eurooppalaisen yliopistoperinteen mukaisesti neljästä tiedekunnasta: teologian, lainopin, lääketieteen ja filosofian. Akatemian ensisijainen tehtävä oli järjestää opetusta, jonka ytimenä oli luterilainen teologia ja eurooppalainen humanismi.
Perustamisasiakirjassa akatemian tehtäväksi määriteltiin luvallisten oppiaineiden, Pyhän Raamatun, lain ja oikeuden, lääketieteen sekä muiden tieteiden opettaminen ja harjoittaminen. Tämän lisäksi akatemiassa tehtiin tutkimusta, väiteltiin ja promovoitiin valmistuneita. Akatemia oli pappiskunnan koulutuksen keskus. Suurimmasta osasta sen ylioppilaista tuli pappeja. Yliopisto jakoi myös yleissivistystä ja renessanssihumanismin henkeä aatelis- ja porvarisnuorukaisille.
Kristiinan yliopisto tai Auran yliopisto, kuten yliopistoa myös kutsuttiin, säilyi koko Turun kauden ajan suhteellisen pienenä. Vuonna 1640 akateemiseen yhteisöön kuului 250 ylioppilasta ja yksitoista professoria: kolme teologisessa, yksi lainopillisessa, yksi lääketieteellisessä ja kuusi filosofisessa tiedekunnassa. Ylioppilaiden ja professorien lukumäärä säilyi lähes muuttumattomana koko Turun kauden, 187 vuotta.
Yliopisto perustettiin itsenäiseksi instituutioksi. Sen lisäksi, että yliopistolla oli oikeus jakaa oppiarvoja oli sillä oma hallinto, oikeudenkäyttö, rangaistusvalta sekä verovapaus. Akatemian itsenäisen aseman takasivat sen omat tulonlähteet. Yliopiston talous perustui vuoteen 1811 saakka veroläänityksiin; akatemia keräsi satojen maatilojen verot ja usean pitäjän kymmenykset ylläpitääkseen toimintaansa.
Yliopiston perustaja kuningatar Kristiina oli kiinnostunut tieteistä. Hän tuki yliopistoja ja palkkasi hoviinsa oppineita. Heihin lukeutui mm. kuuluisa filosofi, matemaatikko René Descartes. Helsingin yliopiston perustamis-
vuonna kuningatar oli vasta 13-vuotias.
uninkaallinen Turun Akatemia oli kiinteästi eurooppalaiseen yliopistoperinteeseen sidottu, mutta suhteellisen perifeerinen, vähävarainen ja tieteellisesti eristäytynyt yliopisto. Akatemian ansiosta suomalaisten opiskelijoiden ei kuitenkaan enää tarvinnut matkustaa Euroopan muihin yliopistoihin saadakseen asianmukaista opetusta.
Toisaalta juuri tämä vähensi suomalaisten suoria kontakteja Euroopan tiedekeskuksiin 1600-luvun lopulla ja siksi Turussa harjoitettava tiede, etenkin luonnontiede ja lääketiede jäivät jälkeen Manner-Euroopan nopeasta kehityksestä.
Kirkon ja yliopiston vahva sidonnaisuus vaikutti ratkaisevasti yliopistossa harjoitettavaan tieteeseen. Raamattua tutkittiin ja selitettiin ahkerasti samalla, kun sen auktoriteetti oli ehdoton; Raamatun kyseenalaistamista ei sallittu tieteen nimissä tai sen keinoin. Kaikki luterilaisesta tunnustuksesta poikkeavat käsitykset torjuttiin jyrkästi. Turussa osoitettiin epäluuloa monta Manner-Euroopassa jo hyväksyttyä näkemystä kohtaan. Esimerkiksi kartesiolaisuuden ja kopernikanismin koettiin olevan ristiriidassa Raamatun kanssa ja nämä näkemykset torjuttiin.
Toisin kuin nykyään yliopistossa ei 1600-luvulla ollut tarkoitus harjoittaa uutta luovaa ajattelua tai tehdä tieteellisesti uutta tutkimusta. Kuninkaallinen Turun Akatemia ei varsinaisessa mielessä ollut tiedeyliopisto vaan pikemminkin kirkonmiesten opetus- ja koulutuslaitos. Akatemiassa opetettiin ainoastaan niitä teoksia, jotka yliopiston perussäännöissä, statuuteissa oli määrätty. Näin uusille pappissukupolville välitettiin ainoastaan oikeaksi todettua ja todistettua tietoa.
Kuninkaallisessa Turun Akatemiassa kirjoitettiin 1640-1808 yhteensä yli 3000 maisterinväitöstyötä. Näitä usein professorien kirjoittamia väitöksiä puolustamalla ylioppilaat osoittivat tieteellisen pätevyytensä . He vastasivat myös väitöskirjojen painatuskustannuksista. Erilaisia ajankohtaisia aiheita käsittelevät väitöskirjat muodostivat keskeisen foorumin uusimpien tieteellisten tulosten ja ajatusten välittämiselle ja tärkeän vaihtoehdon statuuttien tarkasti määrittelemälle luentokirjallisuudelle. Useat professorit julkaisivat laajemmat teoksensa juuri väitöskirjasarjoina.
Professorit luennoivat statuuttien määräysten mukaisesti yhden tunnin verran maanantaina, tiistaina, torstaina ja perjantaina. Keskiviikko ja lauantai oli varattu väittelyille. Tämän lisäksi ylioppilaille annettiin maksullista yksityisopetusta niin professoreiden kuin yksityisopettajien ja vanhempien ylioppilaiden toimesta. Akatemian professorit olivat monioppineita, joille siirtyminen tieteenalalta toiseen oli pikemminkin sääntö kuin poikkeus. Akatemian opetuskielinä toimivat latina ja ruotsi. Varojen puutteessa akatemiassa ei tehty tieteellisiä kokeita eikä hankittu havaintovälineitä professorien henkilökohtaisten instrumenttien lisäksi.
Tiedekunnista suurin, filosofinen tiedekunta oli luonteeltaan perustiedekunta, jossa kaikki ylioppilaat aloittivat opintonsa. Vasta tämän jälkeen heillä oli mahdollisuus erikoistua muissa tiedekunnissa. Filosofisen tiedekunnan piirissä suomenkielen tutkimus käynnistyi nopeasti. Professori Aeschilleus Petraeus (1593-1657) julkaisi jo 1649 suomen kielen kuvauksen Linguae Finnicae brevis institutio. Muiden kielien osalta luettiin ahkerasti klassisia kieliä eli Raamatun alkukieliä hepreaa, kreikkaa ja latinaa. Myös retoriikan opetus sopi hyvin pappiskoulutukseen.
Parhaimpiin tieteellisiin tuloksiin 1600-luvun akatemiassa päästiin Raamatun alkukielen heprean tutkimuksessa. Piispa Johannes Gezelius vanhempi ryhtyi 1670-luvun alussa laatimaan tekstikriittistä ruotsinkielistä Raamatun selitysteosta. Hän koulutti myös poikansa Johannes Gezelius nuoremman tähän työhön. Heidän kansainvälisesti korkeatasoinen teos julkaistiin vuonna 1728.
Yliopistolla annettiin musiikin, piirustuksen, miekkailun, ratsastuksen ja modernien kielten kuten ranskan ja italian opetusta. Näitä nuoren aatelismiehen tarvitsemia taitoja opettivat yliopistossa opiskeleville säätyläisnuorille alansa ammattilaiset, tarkoitusta varten palkatut harjoitusmestarit. Yliopistolla toimi siis miekkailunopettaja ja ratsastuksenopettaja siinä missä kreikankielen professorikin.
Harjoitusmestarilaitoksen ansiosta yliopistotoiminta monipuolistui huomattavasti. Monet nykyiset tieteenalat kuten modernien kielien tutkimus ja opetus, musiikkitiede, liikuntatieteet sekä instituutiot kuten yliopiston piirustuslaitos ovat peräisin harjoitusmestarilaitoksesta.
Hattu-puolueen noustua valtaan 1739 levisi Ruotsin valtakunnassa ajatus oman maan resurssien paremmasta hyödyntämisestä niin teollisuuden kuin maatalouden aloilla. Tämä edellytti maan luonnonvarojen ja väestön tarkkaa kartoitustyötä.
Tilastollisesta tutkimuksesta tulikin olennainen osa Ruotsin yliopistojen, myös Turun tieteellistä toimintaa. Samalla kun eri paikkakuntien tietoja kerättiin tehtiin useita historiallisia paikalliskuvauksia, jotka sittemmin ovat osoittautuneet arvokkaiksi.
Aikakausi 1740-1760 oli Turun akatemiassa hyötyajattelun kulta-aikaa. Aivan kuten muihin Ruotsin yliopistoihin perustettiin Turkuun uusi talousopin oppituoli. Myös tieteen tekemisen materiaalisia olosuhteita parannettiin rakentamalla Turkuun kemian laboratorio, anatomian laitos, akatemian oma puutarha ja apteekki. Myös vaatimatonta kirjastoa laajennettiin.
Hyödyn aikakausi merkitsi luonnontieteiden arvostuksen nousua suhteessa klassillisiin tieteisiin. 1700-luvun alussa ruotsalaiset tutkijat kuten Anders Celsius (1791-1744) ja Carl von Linné (1707-1778) tekivät ruotsalaisesta luonnontieteellisestä tutkimuksesta maailmankuulun. Teologian uuden suuntauksen, luonnollisen teologian mukaan luonto itsessään osoitti Jumalan olemassaolon ja ihminen ylisti Jumalaa hyödyntämällä luonnontieteitä. Luonnontieteellisen tutkimuksen ei siis koettu olevan ristiriidassa uskonnon kanssa. Päinvastoin, Jumala oli luonut kokonaisuuden, jossa jokaisella asialla ja oliolla oli tehtävä ja tämä tehtävä tieteen tuli selvittää.
Kuninkaallisessa Turun Akatemiassa suosittiin yhteiskunnallisesti merkityksellistä ja käytännönläheistä tutkimusta. Talousopin professori P. Kalmin (1716-1779) ja kemian professori P. A. Gaddin (1727-1797) johdolla tehdyt väitöskirjat olivat suorastaan opaskirjan kaltaisia ja ne pyrittiin julkaisemaan latinan sijasta ruotsiksi. Tarkoituksena oli, että maalaispapit niiden avulla pystyivät hyödyntämään tutkimustietoa palatessaan kotipaikkakunnalleen.
Käytännönläheinen tutkimus keskittyi ensisijaisesti maa- ja metsätalouteen. Väitöskirjoissa annettiin ohjeita peltojen ojituksesta, viljan kylvöstä, metsänhoidosta, oman keittiöpuutarhan hoidosta sekä myös erilaisten kotimaisiin raaka-aineisiin perustuvien ruokien, juomien ja lääkkeiden valmistuksesta. Kemian alalla tutkittiin mm. värikasveja, alunaa, potaskaa, salpietaria, muurilaastia ja sementtiä. Eräs Hattu-puolueen merkantilistisen politiikan tavoite oli välttää kallis maahantuonti. Siksi myös tuontitavaroita kuten silkkiä, mausteita, väriaineita, tupakkaa ja puuvillaa pyrittiin yliopiston professorien asiantuntemusta hyödyntäen tuottamaan kotimaisesti, useimmiten kehnoin tuloksin.
Uudet ajatukset väestöstä yhteiskunnallisena voimavarana sekä uudet lääketieteelliset suuntaukset johtivat puolestaan siihen, että sairauden- ja terveydenhoitoon alettiin kiinnittää aiempaa suurempaa huomiota. Maa oli harvaan asuttu eikä koulutettuja lääkäreitä usein ollut tarjolla kun heitä tarvittiin.
Kansa turvautui kansanparantajiin ja perimätietoon sekä lukkareiden, partureiden ja sotaväen piirissä koulutuksen saaneiden välskäreiden apuun. Pitäjänhallinnon johtajina myös papit hoitivat terveyden- ja sairaanhoitoon liittyviä asioita, olihan heillä lukemisen taito ja yhteys korkeampiin voimiin.
Pappilat toimivat usealla paikkakunnalla eräänlaisina terveyskeskuksina. Hyödyn aikakautena papeilta edellytettiin entistä paremmpia lääketieteellisiä perusvalmiuksia, jotta he voisivat olla suuremmaksi avuksi kotipaikkakunnallaan. Papeille asetetut suuremmat tavoitteet edellyttivät lääketieteen alan kehitystä yliopistolla.
Turussa lääketieteen opetusta uudisti professori Elias Til-Landz (1640-93), joka mm. suoritti Turun ensimmäisen anatomisen näytöksen eli ensimmäisen ihmisruumiin anatomisen leikkelyn. Til-Landz oli myös kiinnostunut kasvitieteestä ja edisti farmasian alaa mm. kehittämällä ja luetteloimalla parantavia rohdoskasveja.
Tiede kehittyi nopeasti 1700-luvun lopun Euroopassa. Matematiikan ja fysiikan aloilla tehtiin useita uusia oivalluksia kuten Sir Isaac Newtonin esittämä painovoimateoria. Myös Kuninkaallinen Turun Akatemia koki 1700-luvun lopulla merkittävän kehitysvaiheen. Käytännönläheisistä tieteistä siirryttiin teoreettisempaan tutkimukseen ja systemaattisiin havaintoihin mm. tähtitieteen, fysiikan ja kemian alalla. Akatemiassa mietittiin maailmankaikkeuden rakennetta, aineen olemusta ja mekaniikan lakeja.
Akatemian nousu luonnontieteiden aloilla perustui lisääntyneisiin kansainvälisiin yhteyksiin ja erityisen lahjakkaisiin yksilöihin. Heistä merkittävimmät olivat tähtitieteilijä A. J. Lexell (1740-1784), joka laski vuonna 1770 havaitun, sittemmin hänen mukaansa nimetyn komeetan radan sekä mineraalikemisti Johan Gadolin (1760-1852), joka saavutti maailmanmainetta löytäessään vuonna 1794 uuden alkuaineen, yttriumin (Y).
Akatemian jäsenten yhteydet muihin Ruotsin ja Manner-Euroopan tiedekeskuksiin lisääntyivät huomattavasti 1700-luvun lopulla. Ylioppilaat ja opettajat tekivät matkoja muihin eurooppalaisiin yliopistoihin ylläpitääkseen yhteyksiä tieteen uusiin suuntauksiin. Professorit kuten uushumanisti H. G. Porthan, teologi J. Gezelius, kemisti J. Gadolin ja lääkäri E. Til-Landz välittivät tutkimuksensa ja opetuksensa kautta matkoillaan saamiaan uusia ajatuksia palatessaan Turkuun. Näin pysyttiin huomattavasti aiempaa paremmin ajan tasalla tieteen uusista suuntauksista ja tutkimusmenetelmistä.
Luonnontieteiden kehityksen lisäksi klassilliset kielet ja antiikin ihanteet nousivat jälleen arvostettuun asemaan uuden yleiseurooppalaisen aatesuuntauksen, uushumanismin ansiosta 1700-luvun lopulla. Tämä näkyi mm. latinankielen aseman vahvistumisena opetus- ja tutkintokielenä. Uushumanismi sai innostusta Herculaneumissa, Pompeijissä ja Roomassa tehdyistä kaivauksista. Turussa sen merkittävin edustaja oli aikakauden keskushahmo, kaunopuheisuuden professori H. G. Porthan (1739-1804).
Turun Kuninkaallinen Akatemia eli Ruotsin vallan kauden loppuessa kukoistuskauttaan.