Helsingin yliopistomuseon valokuvakokoelmat sisältävät 58 000 kuvaa, joista noin puolet on digitoitu. Kokoelmissa on yliopiston historiaan liittyviä kuvia henkilöistä, rakennuksista, juhlista, opiskelijaelämästä, tutkimuksesta ja opetuksesta sekä runsaasti terveydenhuollon historiaan liittyviä kuvia, pääasiassa eri sairaaloista ympäri Suomen.
Museon arkistokokoelmissa on aineistoa mm. lääketieteen ja sairaaloiden historiaan sekä käsityönopettajan koulutuksen historiaan liittyen.
Kirjastossa on lääketieteen ja terveydenhuollon historiaan liittyvää kirjallisuutta. Museossa on myös suppea yliopistohistoriallinen käsikirjasto.
Valokuva-arkisto, arkisto ja kirjasto ovat sopimuksesta avoinna.
