Bio- ja ympäristötieteellisessä tiedekunnassa koordinoidaan Aivot ja mieli -tohtoriohjelmaa (B&M), Integroivien biotieteiden tohtoriohjelmaa (ILS), Kasvitieteen tohtoriohjelmaa (DPPS), Luonnonvaraisten eliöiden tutkimuksen tohtoriohjelmaa (LUOVA) ja Ympäristöalan tieteidenvälinen tohtoriohjelmaa (DENVI).
Ohjelmakohtaiset hakuohjeet ja hakuajat löytyvät kyseisen tohtoriohjelman kotisivulta.
Bio- ja ympäristötieteellisen tiedekunnan tohtorikoulutettavat voivat kuulua yhteen seuraavista 11 tohtoriohjelmasta: