Helsingfors universitetsmuseums fotosamlingar innehåller ungefär 58 000 bilder, av vilka ungefär hälften är digitaliserade. I samlingarna finns bilder av personer, byggnader, fester, studentliv, forskning och undervisning med anknytning till universitetets historia samt gott om bilder med anknytning till hälsovårdens historia, i huvudsak från olika sjukhus runt om i Finland.
Museets arkivsamlingar innehåller historiskt material med anknytning till bl.a. läkarvetenskap och sjukhus samt utbildningen av slöjdlärare.
Biblioteket innehåller litteratur som rör läkarvetenskapens och hälsovården historia. Museet har också ett litet universitetshistoriskt referensbibliotek.
Fotoarkivet, arkivet och biblioteket är öppna enligt överenskommelse.
