Terrängen i armen ligger högt över havet och landskapet domineras av stora fjäll, t.ex. Saana (1029 m), Termisvaara (1024 m) och Halti (1328 m).
I Lapska armens ödemarksområde förekommer krävande nordliga arter som fjällämmel, jaktfalk, fjälluggla och ibland till och med fjällräv. Områdets karga och kalla livsmiljö erbjuder begränsade levnadsmöjligheter, vilket betyder att antalet djur är förhållandevis litet. Vissa år utgör ett undantag till detta då det förekommer rikligt av lämmel och andra smågnagare.
Antalet djur och växter varierar starkt från år till år. Vart fjärde till femte år finns det rikligt av smådäggdjur (fjällämlar och andra sorkar), och då finns det också rekordmånga av de rovdjur (t.ex. räv, hermelin, fjällvråk, jorduggla och fjällabb) som jagar dem. I de fjällbjörkskogar som omger Kilpisjärvi by finns det också ett större antal blåhakar än någon annanstans i världen. Det kan också hända att man får syn på skogshare eller gråsiding i skogarna. Krävande laxfiskar som röding, öring och sik trivs i syrerika fjällvatten. På de stora fjällen finns många sällsynta fjärilsarter som innan vuxenstadiet endast lever på vissa specifika fjällväxter. Myggorna dyker upp runt midsommar.
I Kilpisjärvi är det vinter nästan året om, tillväxtperioden är endast 100 dygn och Kilpisjärvi sjö blir isfri runt midsommar. Trots detta finns det rikligt av växtlighet, fjällbjörkskogarna sträcker sig ända till 600 meter och högre upp täcks kalfjället av dvärgbjörk och många andra växter, mossor och lavar. Högst upp av alla stretar isranunkeln som innehar de finländska blomsterväxternas höjdrekord, men dess bestånd har minskat dramatiskt under de senaste decennierna.
Växtligheten i Kilpisjärvi är särpräglad och mångsidig: området ligger i fjällen, över 400 meter över havets yta. Områdets jordmån är ställvis kalkhaltig. Därför finns det rikligt med kalkkrävande växter och mossa i regionen. Kilpisjärvi ligger bara 40 kilometer från Norra ishavet, och på området finns därför marina arter som annars är sällsynta i Finland.
Kilpisjärvi är belägen på en geologiskt mycket unik plats, där Finlands uråldriga 2,8 miljarder år gamla urberg möter Skandernas jämförelsevis unga berggrund som är 400–600 miljoner år gammal. I den unga berggrunden finns lättvittrad kalkhaltig dolomit. Den vanligaste bergarten i området är granodiorit, och i urberget finns också granit och granitgnejs.
Landskapet domineras av de stora fjällen Saana, Termisvaara och Halti, som alla kom till under Skandernas bergveckning. Förkastningarna, landhöjningarna och erosionen som skett senare har vidare ökat höjdförhållandena. Den högsta punkten i Finland är ett utsprång av Halti som heter Háldičohkka.
I Kilpisjärvi definieras klimatet av havet, det nordliga läget och topografin, eftersom området ligger över 400 meter över havet och mindre än 50 kilometer från Norra ishavet. Klimatet är mycket arktiskt och den årliga medeltemperaturen är en av de lägsta i Kontinentaleuropa, bara -2,3 °C, och i juli är medeltemperaturen bara +10,9 °C. Snön täcker oftast området i september eller oktober och smälter först i början av juni. På Mallas sluttningar kan det finnas små områden med snö året runt.