Katharina Kunter on tutkimuksessaan jo pitkään erikoistunut kristillisiin kulttuureihin ja Eurooppaan, eritoten Itämeren seutuun monimuotoisena ylikansallisten verkostojen tilana. Hän aloitti tutkijanuransa tarkastelemalla Gießenin yliopistossa Saksassa valmistuneessa väitöskirjassaan Euroopan turvallisuus- ja yhteistyökomission Helsinki-prosessin vuoropuheluun ja liennytykseen tähdänneitä pyrkimyksiä kylmän sodan aikana 1968–1978, joissa pohjoismaisten protestanttien rooli oli merkittävä. Tohtoriksi valmistuttuaan hän teki pohjoismaissa laajalti tutkimusyhteistyötä, jonka puitteissa hän vietti vaihtelevan pituisia ajanjaksoja opetuksen ja tutkimuksen merkeissä Tanskassa, Virossa ja Suomessa sekä Alankomaissa.
Laajemmassa mittakaavassa Kunterin akateeminen työ, joka pohjautuu kansainväliseen vertailevaan näkökulmaan, on keskittynyt eurooppalaisen kristinuskon poliittisiin ja kulttuurillisiin muotoihin. Mikä oli kristinuskon asema maailmansotien ja kylmän sodan välillä, ja toisaalta eurooppalaisten yhteiskuntien rauhoittamisen ja Euroopan yhdentymisen välillä? Miten kristinusko vaikutti 1960-luvun vaiheisiin, miten kirkot osallistuivat humanitaariseen toimintaan vuoden 1945 jälkeen ja miten ne hiljalleen hyväksyivät ihmisoikeudet itsenäiseksi yhteiskunnallis-eettiseksi kristilliseksi normiksi? Nämä ovat esimerkkejä Katharina Kunterin tutkimuskysymyksistä.
– Odotan palavasti pääseväni tarkastelemaan näitä aiheita Helsingin yliopiston teologisen tiedekunnan perustutkinto- ja jatko-opiskelijoiden kanssa, sopiihan Helsinki tällaiselle pohdinnalle täydellisesti kahden historiallisen yhtymäkohtansa ansiosta: naiset saivat Euroopassa ensimmäisenä äänioikeuden Suomessa vuonna 1905, ja vuonna 1975 allekirjoitetussa Helsingin päätösasiakirjassa vaadittiin rauhanomaista muutosta ja ihmisoikeuksien toteutumista kautta Euroopan.