Tutkimusta ja sen rahoitusta hallinnoidaan yhteistyössä Helsingin yliopiston (Tutkimusohjelmayksikkö ja FIMM), Folkhälsanin tutkimuskeskuksen, Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin, Pohjanmaan hyvinvointialueen sekä Lundin yliopiston kanssa.
Botnia-tutkimus on osa Suomen Akatemian Kompleksitautien genetiikan huippuyksikköä - Geneettisistä löydöksistä henkilökohtaiseen lääketieteeseen (2018 - 2025).