Viruksen sekvensointi

Suomalaiset SARS-CoV-2 sekvenssit

Suomessa virusnäytteiden sekvensointia on kehitetty Helsingin yliopiston virologian osastolla professori Olli Vapalahden zoonosivirologian tutkimusyksikössä, jossa koronavirussekvensointia on tehty ensimmäisestä COVID-19-potilaasta alkaen. Yhteistyö Suomen molekyylilääketieteen instituutin (FIMM) ja Biotekniikan instituutin (BI) kanssa mahdollistaa kaikkien saatavilla olevien näytteiden sekvensoinnin.

Sekvenssitiedot julkaistaan nopeasti avoimessa tietokannassa, jotta informaatio saadaan jaettua muiden tutkijoiden ja asiantuntijaorganisaatioiden kanssa. SARS-CoV-2 genomia tutkitaan parhaillaan yhtäaikaisesti monissa maissa, mikä mahdollistaa mutaatioiden reaaliaikaisen seuraamisen. 

Viime vuoden 2020 aikana Helsingin yliopistossa tutkittiin yhteensä noin 1 600 HUS-alueen positiivista koronavirusnäytettä. Kevään näytteistä on visualisoitu suomalainen SARS-CoV-2 datasetti auspice-sovellusta hyödyntäen. Datasettiin kuuluu 40 vuoden 2020 helmikuun ja huhtikuun välillä koottua sekvenssiä suomalaisista Covid-19-potilaista. Kaikki sekvenssit ovat vähintään 95 prosenttia kokonaisia (esim. enimmillään 5 prosenttia sekvenssistä sisältää epäselvän ’N’ nukleotidin).

SARS-CoV-2-sekvenssien tieto on Helsingin yliopiston zoonoosivirologian tutkimusyksikön (VZRU) ja uhkaavien infektiotautien tutkimusryhmän (EIRG) työn tulosta. Tämän sivuston ja näiden sekvenssien vastuuhenkilöt ovat Ravi Kant ja Teemu Smura.

Ota yhteyttä, jos haluat koko genomien sekvenssit (FASTA) ja TAB-muotoisen metadatan yllä olevan visualisoinnin tekoon käytetyistä zoonoosivirologian tutkimusyksikön tuottamista sekvensseistä.

 

Huom. tämä sivu on tarkoitettu ainoastaan zoonoosivirologian tutkimusyksikön (Helsingin yliopisto, virologian osasto) tuottamien julkaisemattomien SARS-CoV-2 sekvenssien saamiseksi. Julkaistut sekvenssit ovat tämänhetkisiä luonnoksia, jotka saattavat muuttua. Muutoksia saattaa tulla useista syistä, esimerkiksi uudelleenanalysoinnin yhteydessä.

Jos aiot käyttää näitä sekvenssejä osana julkaisua, ota yhteyttä ja varmista meiltä mahdolliset sekvensseihin liittyvät päivitetyt tiedot.

Lisätietoja: Ravi Kant ja Teemu Smura

(CSC:n serverillä tehty – kiitos Kimmo Mattila)