Peltolohkot sijaitsevat vesistöjen äärellä suojassa kasvukauden halloilta. Maaperä on kivennäismaata, hikevästä hietamoreenista hienoon hietaan. Pellot ovat vähämultaisia ja metsät tasaisia kuivahkoja kangasmaita. Muddusjärven korkeus merenpinnasta on 146 m.
Termisen kasvukauden pituus on Muddusjärvellä 125 päivää, kun se Helsingissä on 175 päivää. Talvella aurinko ei nouse 41 vuorokauteen marraskuun 30. päivän ja tammikuun 12. päivän välisenä aikana. Vastaavasti kesällä aurinko ei laske 64 vuorokauteen toukokuun 22:sta päivästä heinäkuun 24:een päivään. Kasvukauden lyhyyttä ei pitkä kesäpäivä korvaa johtuen lämpötilan alhaisuudesta. Lisäksi kesäkuukausien keskimääräinen valoannos jää jonkin verran pienemmäksi kuin maan eteläosissa johtuen auringon matalammasta kaaresta. Kasvukauden tehoisan lämpötilan summa jää Muddusjärvellä keskimäärin alle 700 asteen, kun se Etelä-Suomessa on 1300-1400 astetta. Vuotuinen sademäärä on Inarin ympäristössä 450 mm ja Helsingissä 700 mm. Noin puolet vuotuisesta sademäärästä tulee kesällä.
Toinen puoli sateesta tulee lumena. Muddusjärven opetus- ja tutkimustilalla lumipeitteen paksuus on maaliskuussa yleensä runsaat puoli metriä. Korkeat tunturit estävät runsaamman lumentulon alueelle, sillä talvikuukausina yleisin tuulensuunta on luoteesta. Pysyväksi lumipeite muodostuu yleensä lokakuun aikana ja lumi sulaa toukokuussa. Talven pituus voi silti vaihdella huomattavasti eri vuosina. Maa pysyy roudassa loka-marraskuulta aina touko-kesäkuulle saakka, roudan syvyyden ollessa noin 80 cm.
Muddusjärven linnusto on rikas. Toivoniemen lintutorni Kaamasjoen suulla on luultavasti paras lintujen tarkkailupaikka Inarin alueella. 12m korkea lintutorni on rakennettu keskeiselle paikalle lintujen pesimäalueen viereen, josta voi nähdä koko jokisuun ja lintusuon. Alueella on nähty yli 70 eri lajien lintua.
Muddusjärven metsäluontoon pääsee tutustumaan merkityllä luontopolulla. Reitin pituus on noin 6 km. Polun varrella on 14 numeroitua rastia. Polun aloituspaikalle on viitoitus 4-tieltä.