Helsingin yliopiston menestys maailman yliopistojen joukossa on pitkälti luonnontieteellisen huippututkimuksemme ansiota. Matemaattis-luonnontieteellisen tiedekunnan tutkimusryhmät ovat menestyneet täydentävän rahoituksen hauissa, kuten Suomen Akatemian akatemiaprofessuuri- ja huippuyksikkörahoituksessa sekä Euroopan unionin ERC-rahoituksessa. Näissä tutkimuksen rahoitusmuodoissa kilpailu on kovinta ja tieteen taso korkein. Voimakkaasti kasvanut täydentävä rahoitus on lisännyt Helsingin yliopiston luonnontieteellisen tutkimuksen laajuutta ja syvyyttä.
Tiedekunnan osastot ovat mukana kahdessa Suomen Akatemian nimeämässä huippututkimusyksikössä. Tiedekunnassa toimii kolme Suomen Akatemian nimittämää akatemiaprofessoria. Tällä hetkellä tiedekunnan osastoilla toimii kaksitoista kilpaillun monivuotisen ERC-rahoituksen saanutta tutkijaa.