Uskontotieteellisen tutkimuksen kohteina voivat olla esimerkiksi rituaalit, tekstit ja instituutiot, tai ajankohtaiset yhteiskunnalliset ja eettiset kysymykset kuten monikulttuurisuus ja ympäristöasiat. Tieteenala ei aseta uskontoja arvojärjestykseen, vaan se tuottaa tutkittua tietoa uskonnon alaan kuuluvista perinteistä ja ilmiöistä sekä rakentaa ymmärrystä uskonnosta monitahoisena käsitteenä, joka ei palaudu mihinkään yksittäiseen uskontoperinteeseen.
Uskontotiede on erikoistunut tutkimaan maailman erilaisia uskontoperinteitä ennen ja nyt riippumatta siitä, ovatko ne vakiintuneita ja institutionaalisia uskontoja tai kansanomaisia, tapakulttuuriin perustuvia uskonnollisuuden muotoja. Uskontojen ja katsomusten muotoutuminen ja kehitys sekä niiden vuorovaikutus ympäröivän kulttuurin ja yhteiskunnan kanssa on kiinnostuksen kohde, jota voidaan lähestyä esimerkiksi tarkastelemalla miten eri uskontoperinteet muuttuvat monikulttuurisissa yhteiskunnissa.
Uskontotiede ei rajoitu yksittäisten perinteiden tutkimukseen vaan on kiinnostunut myös laajemmin uskonnosta yleisinhimillisenä ilmiönä. Uskontotiede pyrkii vertailun avulla luomaan ymmärrystä uskontoperinteiden yhtäläisyyksistä ja eroavuuksista sekä selittämään uskonnon asemaa kulttuurien ja yhteiskuntien osana. Lisäksi uskontotieteessä tarkastellaan laaja-alaisia ilmiöitä, kuten rituaaleja, myyttejä ja kokemuksia, sekä uskonnon asemaa arjessa ja julkisuudessa.
Myös uskonnon käsite sekä sen käyttö tutkimuksellisena työkaluna ja osana yhteiskunnallisia keskusteluita on keskeinen uskontotieteellisen tutkimuksen kohde. Uskonnon käsitteen kulttuurisidonnaisuus pakottaa kysymään, miten se soveltuu vieraiden kulttuurien ja yhteiskuntien analysointiin ja millaisin perustein uskontoa voidaan paikantaa. Samalla voidaan tarkastella, miten uskonnon ja uskonnottomuuden tai uskonnon ja maallisen väliset rajanvedot rakentuvat tutkimuksessa sekä ympäröivän yhteiskunnan eri instituutioissa.