Yliopistomuseon esinekokoelmissa on mm. tieteellisiä tutkimuslaitteita, juhlaperinteeseen ja ylioppilaselämään liittyvää esineistöä sekä huonekaluja. Havainto-opetuksessa tai tutkimuksessa käytettyjä laitteita ja välineitä on siirretty museon kokoelmiin mm. fysiikan, kemian, fysiologian, geologian ja tähtitieteen oppiaineista.
Museossa on laaja terveydenhuollon historian esinekokoelma, joka sisältää eri puolilla Suomea toimineiden sairaaloiden hoitovälineitä, huonekaluja ja astioita sekä lääketieteeseen, sairaanhoitoon, eläinlääketieteeseen ja hammaslääketieteeseen liittyviä hoito- ja tutkimusvälineitä.
