Aleksanteri-instituutin tutkijakoulutus on mukana Helsingin yliopiston Poliittisten, yhteiskunnallisten ja alueellisten muutosten -tohtoriohjelmassa (PYAM). INREES-verkosto lisää vuodesta 2020 lähtien jatkokoulutuksen kansainvälisyyttä. VIE-tutkimuksen jatko-opiskelijat saavat rahoituksensa yliopistojen omista tohtoriohjelmista, tutkimushankkeista ja säätiöiltä. Instituutti toimii jatkokoulutuksen fasilitaattorina Helsingin yliopiston sisällä ja valtakunnallisesti.
Suomen Akatemia rahoitti vuosina 1998–2015 valtakunnallisen Venäjän ja Itä-Euroopan tutkimuksen tohtoriohjelmaa. Aleksanteri-instituutin koordinoiman ohjelman puitteissa valmistui yli 60 alan väitöskirjaa. Kansainvälisessä arvioinnissa erinomaiseksi arvioidussa ohjelmassa mukana olleet tohtorit ovat työllistyneet eri yliopistoihin, valtionhallintoon ja tutkimuslaitoksiin Suomessa sekä ulkomailla.