Aleksanteri-instituutti kouluttaa uutta tutkijasukupolvea. Väitöskirjantekijät ovat osa instituutin tutkijayhteisöä.
Instituutin koordinoima valtakunnallinen ja kansainvälinen FRRESH-verkosto tuottaa Venäjän ja itäisen Euroopan tutkimuksen tohtorikoulutusta humanistisille ja yhteiskuntatieteellisille aloille. INREES-verkosto lisää vuodesta 2020 lähtien jatkokoulutuksen kansainvälisyyttä. Aleksanteri-instituutti on myös mukana Helsingin yliopiston Poliittisten, yhteiskunnallisten ja alueellisten muutosten -tohtoriohjelmassa (PYAM).
VIE-tutkimuksen jatko-opiskelijat saavat rahoituksensa yliopistojen omista tohtoriohjelmista, tutkimushankkeista ja säätiöiltä. Instituutti toimii jatkokoulutuksen fasilitaattorina Helsingin yliopiston sisällä ja valtakunnallisesti.
Suomen Akatemia rahoitti vuosina 1998–2015 valtakunnallisen Venäjän ja Itä-Euroopan tutkimuksen tohtoriohjelmaa. Aleksanteri-instituutin koordinoiman ohjelman puitteissa valmistui yli 60 alan väitöskirjaa. Kansainvälisessä arvioinnissa erinomaiseksi arvioidussa ohjelmassa mukana olleet tohtorit ovat työllistyneet eri yliopistoihin, valtionhallintoon ja tutkimuslaitoksiin Suomessa sekä ulkomailla.
